Sim. Cabe a você escolher se quer continuar utilizando as duas lojas ou seguir com apenas uma delas.

Caso você queira utilizar apenas a loja da plataforma parceira, não é possível inativar a loja da INK, porém, você pode descaracterizá-la para não confundir os seus clientes. Saiba mais no artigo: Migrei a minha loja para uma plataforma parceira e não quero que a loja da INK apareça mais no Google.